Sebagai sebuah syarikat milik kerajaan negeri Johor, kedudukan Pengerusi dalam Lembaga Pengarah dipegang oleh Menteri Besar Johor bersama dengan pengarah lain :

• Pengarah Urusan PIJ Holdings
• Pengurus Besar Perbadanan Islam Johor
• Setiausaha Kerajaan Negeri Johor
• Pegawai Kewangan Negeri Johor
• Dua (2) pengarah bebas

Bermula awal penubuhan pada 1995, Pengurus Besar Perbadanan Islam Johor secara automatik dilantik menjadi Pengarah Urusan PIJ Holdings Sdn. Bhd. sehinggalah pada 2013, jawatan Pengarah Urusan PIJ Holdings dilantik bukan Pengurus Besar Perbadanan Islam Johor. Tuan Haji Rozan Bin Mohd Sa'at menjadi Pengarah Urusan yang pertama dilantik dari kalangan orang korporat.

Pada tahun 2018, Pengarah Urusan dilantik dari kalangan penjawat awam Johor, Tuan Haji Muhamad Fuad Bin Haji Radzuan. Selain Pengarah Urusan, Pengurus Besar PIJ Holdings juga dilantik dari kalangan penjawat awam Johor.